খেলাফত মজলিসের সাথে সংশ্লিষ্ট দেশের বিজ্ঞ ও প্রখ্যাত উলামা, মাশায়েখ, ইসলামী চিন্তাবিদ ও বিশেষজ্ঞগণের মধ্য থেকে প্রয়োজনীয় সংখ্যক সদস্য নিয়ে একটি উপদেষ্টা পরিষদ গঠিত হবে। সংগঠন- আন্দোলন সংক্রান্ত বিভিন্ন বিষয়ে পরামর্শ দানই হবে উপদেষ্টা পরিষদের মূল দায়িত্ব। প্রতি সাংগঠনিক সেশনে উপদেষ্টা পরিষদের কমপক্ষে একটি বৈঠক অনুষ্ঠিত হয়ে থাকে। আমীরে মজলিস উপদেষ্টা পরিষদের বৈঠকে সভাপতিত্ব করেন।