সংগঠন ও আন্দোলনের কার্যক্রম পরিচালনা এবং কেন্দ্রীয় মজলিসে শূরার গৃহীত সিদ্ধান্ত ও কর্মসূচি বাস্তবায়নের জন্য খেলাফত মজলিসের একটি কেন্দ্রীয় নির্বাহী পরিষদ থাকে। গঠনতন্ত্রের ধারা-১৩ অনুযায়ী আমীরে মজলিস, প্রয়োজনীয় সংখ্যক নায়েবে আমীর, একজন মহাসচিব, একাধিক যুগ্ম মহাসচিব ও প্রয়োজনীয় সংখ্যক বিভাগীয় সম্পাদক এবং সদস্য নিয়ে নির্বাহী পরিষদ গঠিত হয়।